今から約100年後の未来。日本は戦争で深刻な兵力不足に陥っていた。国民への徴兵が強行され、社会に不安が広がる中、軍の上官・帝 岳は研究者・神代 海斗率いるチームに戦況を打破する国家機密プロジェクト「Aegis（イージス）」を命じる。海斗達は、損傷しても瞬時に再生する液体金属を用いた人型自立兵器の開発に成功。この不死身の軍隊イージスの投入により日本軍は勝利を収め、政府は徴兵の廃止を宣言。平和が戻ったかに見えた。
しかし数年後、事態は急変。日本の開発データが外部に流出し、敵国も同様の兵器、「Enlil（エンリル）」を運用し始めた。更に、流出したコードは一般市民にも知れ渡っており、街中には暴走したロボットが現れ始める。戦争には敗北し始め、街ではロボットが市民を襲い、平和な日常は崩壊する。その中でハッカーグループ「Null（ヌル）」が日本にある媒体全てをハッキングし助けが必要なら連絡しろとメッセージを残す。
数日後、研究室のイージス達に自我のようなものが芽生え、研究員達に牙を剥く。軍は兵器が暴走しても未だ戦争に使おうとするが、海斗は自分の開発に終止符を打つ為、全てのロボットを強制停止させるプログラムの実行を決意し、ハッカーグループのヌルに協力を求める。
梨奈も強制停止プログラムに参加し、５人で完成させる。
各地でイージスやエンリル、ロボットが暴走している中、海斗は強制停止プログラムを作動させる。全てのイージス、エンリル、ロボットが停止し、ドロドロに溶け、液体金属の姿になる。海斗と梨奈は日本から戦闘機で脱出し、ハッカー達が活動しているアメリカに向かう。
ここまでのストーリーは全て『ECHO』というタイトルと共に動画サイトに投稿される。
その動画に対しての意見がSNSに書き込まれていく。その様子を一人の部屋で眺める海斗。
イヤホンからハッカーが呼びかける声がする。
海斗はKAI、梨奈はRINAと名乗り、２人はハッカーとして活動を始める。